Хроничната мигрена е усложнение на мигрената и се характеризира с факта, че пациентът страда от главоболие повече от 15 дни всеки месец в продължение на много месеци. Главоболието не е задължително да има класическите характеристики на мигрена всеки ден. Обикновено в тази трудна ситуация пациентът едновременно злоупотребява с болкоуспокояващи или триптани и страда от депресия. Много пъти обичайното фармацевтично-превантивно лечение не може да се справи с това състояние. От 2012 г. приложението на добре познатия ботокс по медицински причини в този случай е одобрено и разрешено в Гърция чрез застрахователната агенция. 

Процедурата е следната: неврологът инжектира БОТОКС с инсулинови спринцовки в 35-39 точки по целия череп: челото, отстрани (слепоочието), ниско в основата на черепа отзад и още по-надолу на врата. Това е стандартизирана процедура, за която е обучен неврологът, който я извършва. Фондът предоставя две бутилки ботокс на всеки три месеца безплатно за пациента, ако искането е направено от квалифициран невролог и пациентът страда от хронична мигрена и поне две предишни медикаментозни лечения са били неуспешни. 

Голямото предимство на това лечение е, че БОТОКС действа само локално върху местата на инжектиране и не натоварва организма. Страничните ефекти, които могат да възникнат, са болка във врата при 10% и увисване на веждите при пациенти с 3%. Въпреки това, ако се появи някакъв страничен ефект, той ще изчезне в 100%.